Yrityksen ostajan ja myyjän on syytä selvittää yrityskaupan eri toteuttamistapojen vaikutukset omaan verotukseen.
Liiketoiminta- eli substanssikauppa on ostajan verotuksen kannalta yleensä selkeästi edullisempi vaihtoehto kuin osakekauppa.
Osakekaupassa ostaja joutuu maksamaan kauppahinnasta varainsiirtoveron. Varainsiirtovero 1,6 prosenttia osakkeiden kauppahinnasta. Liiketoimintakaupassa varainsiirtoveroa ei makseta, jos luovutettavaan omaisuuteen ei kuulu kiinteistöjä tai arvopapereita.
Liiketoimintakaupassa ostaja saa poistaa kauppahintaan kohdistuvan liikearvon 5 - 7 vuodessa. Osakekaupassa ostaja ei voi hyödyntää verotuksessa kauppahintaan kohdistuvaa liikearvoa.
Myyjän verotuksen kannalta osakekauppa on yleensä edullisempi vaihtoehto. Tämä johtuu siitä, että osakekaupassa myyjä saa kauppahinnan käyttöönsä maksamalla luovutusvoittoveron kauppahinnasta. Liiketoimintakaupassa liiketoiminnan luovuttava yhtiö maksaa ensiksi kauppahinnasta yhteisöveroa. Tämän lisäksi omistaja maksaa veroa nostaessaan kauppahinnan yhtiöstä esimerkiksi palkkana tai osinkona.
Yhteisön käyttöomaisuuteen kuuluvat osakkeet voidaan luovuttaa tietyin edellytyksin verovapaasti.
Luovutettava liiketoiminnan osa voidaan siirtää tytäryhtiöön liiketoimintasiirron avulla. Liiketoimintasiirto tapahtuu tasearvoin.
Tällä tavoin on mahdollista hyödyntää käyttöomaisuusosakkeiden luovutuksen verovapautta. Järjestely edellyttää ennakkotiedon hakemista, jotta voidaan varmistua siitä, ettei järjestelyyn sovelleta veronkiertosäännöksiä.
Yrityskaupan ulkopuolelle jäävä omaisuus voidaan siirtää jakautumisen avulla erilliseen yhtiöön. Jakautuminen voidaan toteuttaa ilman veroseuraamuksia.
Omien osakkeiden hankkiminen on yksi keino, jonka avulla luovutettavan yhtiön varoja voidaan jakaa omistajille ennen yrityskauppaa. Tämä on yleensä myös ostajan edun mukaista, koska se pienentää yhtiön lopullista kauppahintaa.